Po wkroczeniu do Lwowa wojsk sowieckich 17 września 1939 roku Zakład stał się Biblioteką Filii Ukraińskiej Akademii Nauk, jego zbiory muzealne zostały rozdzielone między muzea ukraińskie, a zbiory biblioteczne zostały znacjonalizowane. Na mocy obowiązującego prawa autograf „Pana Tadeusza” stał się własnością Biblioteki i został wpisany do inwentarza.
W marcu i kwietniu 1944 roku Niemcy, okupujący Lwów od 1941 roku, nakazali władzom dawnego Ossolineum przygotować do ewakuacji najcenniejsze zbiory. Pociągi ruszyły przez Kraków dalej na Zachód i ślad po nich zaginął. Po zakończeniu działań wojennych w maju 1945 roku porzucony transport został odnaleziony w Adelinie (Adelsdorf), dzisiejsze Zagrodno, w pobliżu Złotoryi. Zbiory zostały przewiezione do Biblioteki Narodowej w Warszawie, skąd w 1947 roku, zgodnie z decyzją władz PRL, przekazano je do odtworzonego we Wrocławiu Zakładu Narodowego im. Ossolińskich.
W 1989 roku rodzina Tarnowskich upomniała się o złożony w depozycie rękopis. Ossolineum, kierowane od 1990 roku przez dr. Adolfa Juzwenkę, rozpoczęło negocjacje mające na celu odnowienie umowy depozytowej, co zostało sfinalizowane w 1992 roku. Jednak w obawie, że rodzina Tarnowskich zechce w przyszłości wycofać z depozytu swoją własność, dyrektor Juzwenko prowadził dalsze rozmowy w sprawie odkupienia obiektu. W sukurs przyszło miasto Wrocław, którego radni uchwalili, że na ten cel z kasy miejskiej zostanie przeznaczone dwieście tysięcy dolarów, co stanowiło jedną trzecią wartości wyceny rękopisu. 5 listopada 1999 roku rodzina Tarnowskich wspólnie z miastem Wrocław przekazała manuskrypt w darze Zakładowi Narodowemu im. Ossolińskich. W tym miejscu zaczyna się także historia Muzeum Pana Tadeusza.
